Sejak berjalan, proyek e-KTP menghadapi banyak kendala. Pengiriman perangkat perekaman data terlambat. Dugaan praktik korupsi juga muncul.
Kementerian Dalam Negeri menunda pelaksanaan serentak proyek e-KTP di sejumlah kota karena menghadapi berbagai hambatan.
Pemerintah merencanakan peluncuran proyek ini pada 1 Agustus 2011, tetapi baru merealisasikannya pada awal 2012.
Kementerian mengalokasikan Rp6,3 triliun dari anggaran negara. Dana itu mendukung pelaksanaan e-KTP nasional. Targetnya penerbitan e-KTP bagi 170 juta penduduk hingga akhir 2012.
Dari total populasi sekitar 257 juta jiwa, hanya individu berusia di atas 17 tahun yang memenuhi syarat memiliki e-KTP.
Presiden Joko Widodo menggantikan Susilo Bambang Yudhoyono pada 20 Oktober 2014. Pemerintahan baru memutuskan menghentikan proyek e-KTP.
Menteri Dalam Negeri baru, Tjahjo Kumolo, menyampaikan penghentian proyek e-KTP tanpa batas waktu karena muncul dugaan potensi korupsi.
Menurut catatan menteri, hingga kini masih terdapat hampir lima juta warga negara yang belum memperoleh e-KTP.
Ia menambahkan bahwa penanganan kasus dugaan korupsi tersebut berada di bawah kewenangan Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK).
Ia mengungkapkan peredaran e-KTP palsu di tengah masyarakat dan menduga produksinya berasal dari China serta Prancis.
Tjahjo menjelaskan bahwa China dan Prancis memproduksi hologram legal untuk digunakan di luar negeri.
Ia menyatakan belum bisa memastikan keterlibatan pihak asing dalam pembuatan e-KTP palsu. Ia menambahkan kepolisian akan menyelidiki kasus tersebut.
Ia menyebut bahwa pihak-pihak yang terlibat berasal dari Indonesia, namun belum dapat memastikan apakah merupakan pegawai Kementerian Dalam Negeri.
Menteri turut menyampaikan keluhan terkait vendor e-KTP yang tidak menggunakan sistem terbuka, sehingga Kementerian Dalam Negeri tidak memiliki kewenangan untuk melakukan perubahan terhadap sistem tersebut.
Tjahjo menyampaikan bahwa pemerintah menghentikan sementara produksi e-KTP hingga Januari 2015 sambil menginvestigasi dan memperbaiki proses untuk memastikan tidak ada campur tangan pihak asing.
Sebelumnya, Menteri Dalam Negeri menyampaikan dugaan bahwa server komputer e-KTP berada di luar negeri dan berpotensi rawan akses ilegal pihak asing.
Penghentian Sementara
Atas dasar tersebut, pemerintah memerintahkan penghentian sementara proyek e-KTP untuk memungkinkan evaluasi menyeluruh.
Pada 17 November 2014, Menteri Tjahjo menyampaikan kepada media bahwa pemerintah memperpanjang penghentian proyek e-KTP hingga Januari 2015.
Namun, Marzan Aziz Iskandar selaku Peneliti Utama di Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) menyatakan bahwa server proyek e-KTP berlokasi di dalam negeri, bukan di luar Indonesia.
Marzan menyatakan bahwa, berdasarkan pengetahuannya, server utama e-KTP berada di Kementerian Dalam Negeri, sementara pusat pemulihan data terletak di Batam dan berada di bawah kewenangan otoritas setempat. Oleh karena itu, menurutnya, secara logis tidak memungkinkan bagi pihak asing untuk mengakses data e-KTP.
Menurutnya, proyek e-KTP turut melibatkan berbagai lembaga negara yang memiliki kredibilitas tinggi dan bertugas menjaga kerahasiaan data secara bertanggung jawab.
Selain Kementerian Dalam Negeri, tim khusus yang melibatkan BPPT dan Lemsaneg menangani proyek e-KTP.
Marzan menjelaskan bahwa hanya pihak berwenang di Kementerian Dalam Negeri, BPPT, dan Lemsaneg yang dapat mengakses sistem tersebut dalam rangka pengelolaan proyek.
Mantan Kepala BPPT tersebut menegaskan bahwa tim telah memperhitungkan aspek kedaulatan negara serta keamanan data dalam pelaksanaan proyek ini.
Di sisi lain, pihak kepolisian telah menjalin koordinasi dengan Kementerian Dalam Negeri dalam rangka penyelidikan kasus pemalsuan e-KTP.
Juru bicara Polri, Inspektur Jenderal Ronny F. Sompie, menyampaikan bahwa Polri menjalin koordinasi dengan Kementerian Dalam Negeri.
Tim menjalin koordinasi untuk memperoleh data awal dugaan pemalsuan e-KTP yang diduga diproduksi di luar negeri.
Ia menegaskan bahwa Badan Intelijen Keamanan Polri tengah berusaha mengumpulkan data awal terkait informasi pemalsuan e-KTP, guna menentukan kemungkinan tindak lanjut penyelidikan oleh Bareskrim.
Ia menyatakan belum dapat memastikan apakah pelaku berasal dari warga negara Indonesia yang menetap di luar negeri atau merupakan warga negara asing.
Di sisi lain, Wakil Ketua DPR Fadli Zon mengungkapkan penyesalannya atas keputusan pemerintah untuk menghentikan pelaksanaan proyek e-KTP.
Perlu Diteruskan
Pada 17 November 2014, Fadli Zon dari Partai Gerindra menyatakan bahwa proses berjalan perlu berlanjut karena investasi mencapai Rp6–7 triliun.
Ia menyatakan bahwa Indonesia membutuhkan sistem identitas tunggal guna mendukung berbagai proses, termasuk pelaksanaan pemilihan umum dan pemilihan kepala daerah.
Ia menyatakan bahwa nomor jaminan sosial memiliki peran krusial karena berfungsi sebagai pengumpul berbagai informasi terkait warga negara.
Fadli menyatakan bahwa dirinya tidak bermaksud mencampuri aspek teknis proyek e-KTP, namun mendesak pemerintahan Jokowi untuk segera menuntaskan berbagai permasalahan yang menghambat agar proyek tersebut dapat diselesaikan.
Data e-KTP dianggap memiliki peran penting, khususnya dalam pelaksanaan pemilihan umum, karena dapat membantu mencegah perselisihan terkait jumlah pemilih yang memenuhi syarat.
Kementerian Dalam Negeri mencatat bahwa pada tahun 2011, terdapat sekitar tujuh juta warga yang memiliki lebih dari satu Nomor Induk Kependudukan (NIK), yang mengindikasikan kepemilikan lebih dari satu KTP oleh masing-masing individu.