Soekarno dan Hatta memproklamasikan Republik Indonesia pada 1945. Pemerintah mengklaim yurisdiksi dari Sabang sampai Merauke, mencakup bekas wilayah Hindia Belanda. Namun Belanda masih menguasai sebagian besar wilayah itu, termasuk Papua. Karena itu, pemerintah republik menetapkan Yogyakarta sebagai ibu kota sementara. Yogyakarta menjadi pusat pertahanan selama revolusi.
Dengan berakhirnya perjuangan kemerdekaan pada 1949, Indonesia membentuk Republik Indonesia Serikat. Namun, sistem federal ini tidak bertahan lama; pada 1950, pemerintah federal secara bulat memutuskan kembali ke negara kesatuan yang lebih terpusat dan memakai kembali nama Republik Indonesia. Presiden mengeluarkan dekrit untuk memberlakukan kembali UUD 1945 setelah menghadapi sejumlah kendala.
Konstitusi 1945 tetap menjadi dasar penyelenggaraan pemerintahan meskipun mengalami beberapa amandemen penting pada masa reformasi menjelang pergantian abad ke-21; konstitusi ini menempatkan sebagian besar kewenangan pada cabang eksekutif, terutama di tangan presiden yang menjalankan pemerintahan dengan bantuan wakil presiden dan kabinet, serta menetapkan Dewan Pertimbangan Agung sebagai lembaga penasihat presiden dengan rekomendasi yang tidak mengikat secara hukum.
Presiden menunjuk Badan Pemeriksa Keuangan yang mengawasi pengelolaan keuangan negara sesuai konstitusi. Majelis Permusyawaratan Rakyat memilih presiden dan wakil presiden setiap lima tahun sampai 2002, namun undang‑undang baru tahun itu menetapkan bahwa sejak 2004 rakyat harus memilih keduanya secara langsung. Undang‑undang yang sah pada 1999 membatasi masa jabatan presiden maksimal dua periode, masing‑masing lima tahun.
Presiden mengangkat para menteri kabinet. Setiap kementerian menangani bidang yang luas, mulai dari perekonomian, hubungan luar negeri, pertahanan, pendidikan, pertanian, informasi hingga urusan agama. Jumlah menteri serta pembagian portofolionya bergantung pada kebijakan presiden. Selain membentuk kabinet, presiden juga bertindak sebagai panglima tertinggi angkatan darat, angkatan laut dan angkatan udara. Presiden pun berwenang mengajukan rancangan undang-undang serta menjalin perjanjian dengan negara lain.
Lembaga Legislatif
MPR merupakan lembaga legislatif yang berperan menafsirkan konstitusi serta menetapkan arah umum kebijakan negara. Jika sebelumnya bersifat unikameral, sejak Pemilu 2004 MPR berubah menjadi bikameral, dengan DPR sebagai kamar rendah dan DPD sebagai kamar tinggi. Sekitar empat perlima kursi MPR berada di DPR. Pemilih memilih anggota DPD secara langsung dari kandidat nonpartisan di seluruh Indonesia, dan memilih anggota DPR secara langsung melalui sistem proporsional berbasis provinsi yang memungkinkan memilih individu maupun partai. Seluruh anggota lembaga legislatif menjalani masa jabatan lima tahun.
Pemerintah Indonesia membagi negara menjadi sekitar 30 provinsi, menambahkan dua daerah istimewa—Yogyakarta di Jawa dan Aceh di Sumatra—serta satu daerah khusus ibu kota, Jakarta. Di pulau-pulau kecil, otoritas setempat biasanya menetapkan pembagian administratif sesuai wilayah tradisional yang batasnya fitur geografis, sedangkan di pulau-pulau besar pemerintah menetapkan batas provinsi untuk menyederhanakan keragaman tradisi dan budaya yang kompleks.
Contohnya, Provinsi Jawa Tengah tidak hanya mencakup bagian tengah Pulau Jawa tetapi juga pusat kebudayaan Jawa; di dalamnya terdapat Daerah Istimewa Yogyakarta dan Kota Surakarta (Solo), dua pusat pemerintahan bersejarah yang masih mempertahankan penguasa tradisional meski tanpa kekuasaan politik nyata. Demikian pula, Provinsi Jawa Barat dan Banten di bagian barat Pulau Jawa selaras dengan wilayah, budaya dan bahasa Sunda.
Sejak akhir abad ke-20, jumlah pembagian politik tingkat pertama mengalami perubahan. Pemerintah Indonesia menyatakan Timor Timur sebagai provinsi pada 1976, dan Timor Timur meraih kemerdekaan pada 1999.
Dorongan Desentralisasi
Selain itu, dorongan desentralisasi di awal abad ke-21 memicu pemekaran beberapa provinsi baru dari wilayah yang sudah ada. Pemerintah membentuk Banten pada 2000 dari bagian barat Jawa Barat; pemerintah memisahkan Papua Barat pada 2006 dari ujung barat Papua; pemerintah meresmikan Kalimantan Utara pada 2012 setelah memisahkannya dari Kalimantan Timur. Di Sulawesi, pemerintah membentuk Gorontalo pada 2000 (pemerintahan mulai 2001) di semenanjung utara dan membentuk Sulawesi Barat pada 2004 di pesisir tengah‑barat. Pemerintah juga membentuk Kepulauan Riau pada 2002 (pemerintahan mulai 2004) dan membentuk Bangka Belitung pada 2000 (pemerintahan mulai 2001) dari pulau‑pulau lepas pantai timur Sumatra.
Setiap lebih dari 300 kabupaten tingkat kedua dipimpin oleh seorang bupati dan memiliki legislatif lokal. Terdapat lebih dari 5.000 kecamatan tingkat ketiga dan puluhan kota yang memiliki status otonom. Sejak 1999, kepala kabupaten dan wali kota dipilih melalui pemilihan langsung di tingkat lokal. Anggota Dewan Perwakilan Rakyat Daerah, yang berhubungan langsung dengan lembaga legislatif nasional, juga dipilih lewat pemilu.
Kelurahan dan desa, baik di kawasan pedesaan maupun perkotaan, berperan sebagai penghubung antara masyarakat dan pemerintah di tingkat kabupaten. Kepala desa umumnya dipilih oleh warga di daerah pedesaan, sedangkan lurah diangkat di wilayah perkotaan; keduanya merupakan pegawai pemerintah daerah. Di tingkat desa terdapat dua lapisan organisasi lingkungan, yaitu rukun warga (RW) dan rukun tetangga (RT), yang masing‑masing memilih pemimpinnya.
