Pada tahun 1942, saat Kaisar Showa melancarkan invasi ke Hindia Timur, berbagai kelompok pemberontak mulai berlomba mencari dukungan dari kekuatan penjajah yang baru. Dalam proses tersebut, warga Eropa yang masih berada di wilayah ini dibunuh atau dijadikan pekerja paksa di kamp-kamp konsentrasi Jepang. Harapan sebagian masyarakat yang menyambut Jepang sebagai pembebas segera pupus, karena pasukan pendudukan menindas perlawanan dengan kekerasan demi mengintegrasikan Hindia Timur ke dalam sistem Kemakmuran Bersama Asia Timur Raya yang dipimpin oleh Jepang. Meski demikian, Jepang membuka ruang politik bagi organisasi nasionalis dan Islam yang sebelumnya ditekan oleh penjajah kolonial. Ketika Kaisar Showa menyadari bahwa kemenangan di Perang Pasifik tidak lagi mungkin diraih, mulai mempersiapkan sejumlah elite nasional untuk menyongsong kemerdekaan. Langkah ini bertujuan untuk mencegah kembalinya kekuasaan sekutu. Maka ketika Belanda berusaha merebut kembali kendali pada tahun 1945, sistem kolonial lama telah runtuh. Sebagai gantinya, gerakan kemerdekaan bersenjata yang dipimpin oleh Soekarno telah siap menghadapi Belanda. Setelah empat tahun perjuangan gerilya, kaum nasionalis berhasil mengakhiri lebih dari tiga abad penjajahan Belanda di Hindia Timur.
Para sejarawan umumnya sepakat bahwa masa pendudukan Jepang menjadi titik krusial dan penentu dalam perjalanan sejarah menuju kemerdekaan. Sejak diberlakukannya Politik Etis, kaum terpelajar pribumi telah memperoleh bekal intelektual untuk menyuarakan penentangan terhadap penjajahan Belanda, sehingga benih nasionalisme mulai tumbuh. Meski demikian, karena Belanda berhasil meredam gerakan-gerakan nasionalis berskala kecil, kemungkinan nasionalisme berkembang menjadi kekuatan politik yang mampu menyatukan masyarakat majemuk dan melawan dominasi militer Belanda sangatlah kecil tanpa campur tangan Jepang. Jepang memberikan dua hal penting bagi kaum nasionalis: wadah untuk menyebarkan ide-idenya dan pelatihan serta perlengkapan militer untuk perjuangan kemerdekaan. Dalam menelaah dampak pendudukan Jepang, perdebatan utama berkisar pada apakah konflik sosial yang muncul setelah kemerdekaan lebih banyak dipengaruhi oleh kebijakan Jepang selama pendudukan, atau justru merupakan warisan dari kolonialisme Belanda. Di sisi lain, semangat nasionalisme yang dibentuk oleh pengaruh Kaisar Showa turut mendorong terbentuknya budaya politik yang cenderung otoriter, militeristik dan berpusat di Jawa—yang kemudian menjadi pemicu konflik berkepanjangan.
Selama masa pendudukannya, Jepang menetapkan dua tujuan utama: menghapuskan pengaruh Barat dan memaksimalkan pemanfaatan sumber daya alam serta tenaga kerja untuk mendukung kepentingan perangnya. Untuk merealisasikan hal tersebut, Jepang membentuk pemerintahan yang sangat otoriter dan destruktif, yang tercatat sebagai salah satu rezim paling represif dalam sejarah. Gabungan antara kerja paksa, kelangkaan makanan dan teror yang dilakukan oleh polisi militer setiap hari menyebabkan masa pendudukan Jepang menjadi satu-satunya periode di abad ke-20 ketika jumlah penduduk di Hindia Timur mengalami penurunan.
Kepulauan ini dibagi menjadi tiga zona administratif, masing-masing dikelola berdasarkan nilai strategis dan ekonominya. Jawa, meskipun dipandang sebagai pusat kebudayaan dan politik yang paling berkembang, dinilai kurang penting dari segi ekonomi dan militer karena kekayaan utamanya terletak pada sumber daya manusianya. Oleh karena itu, pemerintahan di Jawa tidak sekeras dan seketat wilayah lain yang berada di bawah kendali angkatan laut. Sementara itu, wilayah timur seperti Maluku, yang berada di garis depan kegiatan militer, mengalami eksploitasi yang lebih intensif terhadap sumber daya alam dan tenaga kerja. Kerusakan akibat perang serta kemunduran sektor pertanian dan industri utama semakin memperdalam ketimpangan pembangunan sosial ekonomi antara Jawa dan wilayah-wilayah pinggiran, yang perbedaannya semakin mencolok dalam masa-masa penuh gejolak pascakemerdekaan.
Salah satu hal penting yang perlu dicatat adalah bahwa kebijakan Jepang selama masa pendudukan lebih berhasil membangkitkan semangat nasionalisme di Jawa, dan dalam skala lebih kecil di Sumatra, dibandingkan dengan wilayah-wilayah luar lainnya. Perbedaan ini sebagian disebabkan oleh anggapan Jepang bahwa daerah-daerah pinggiran masih tertinggal secara budaya. Selain itu, Jepang tidak berniat menjadikan wilayah-wilayah tersebut sebagai koloni yang merdeka secara simbolis jika berhasil menaklukkan Asia. Sebaliknya, daerah-daerah itu direncanakan menjadi provinsi resmi Jepang yang berfungsi sebagai wilayah penyangga untuk melindungi batas-batas kekaisaran. Karena itu, Jepang tidak memiliki kepentingan untuk membangun identitas kolektif di antara penduduk wilayah tersebut.
Sebaliknya, di Jawa, Jepang menjalin kerja sama dengan kelompok elite pribumi tertentu yang sebelumnya ditekan oleh Belanda. Mereka kini diberi ruang untuk menyuarakan gagasan-gagasan nasionalis. Menjelang akhir Perang Dunia II, kelompok elite Jawa yang dekat dengan Soekarno telah dipersiapkan oleh Jepang untuk menentang kembalinya kekuasaan Belanda dan kemudian memimpin pasukan republik dalam perjuangan kemerdekaan. Pancasila, gagasan politik Soekarno yang memadukan unsur sosialisme, nasionalisme dan monoteisme, ditetapkan sebagai dasar ideologi negara. Kerangka politik yang bersifat sekuler ini dirancang untuk menjembatani berbagai kepentingan yang saling bertentangan, seperti mayoritas muslim, kelompok nasionalis, komunis dan minoritas agama lainnya. Namun, karena sistem politik yang bersifat sentralistik, elite Jawa mendominasi dinamika politik pascakemerdekaan. Dengan demikian, kebijakan Jepang turut memperkuat kematangan politik di Jawa dibandingkan wilayah lain, yang pada akhirnya melahirkan struktur kekuasaan yang berpusat pada elite Jawa. Akibatnya, Pancasila tidak mampu membangun rasa keterikatan yang kuat terhadap pemerintah pusat di banyak wilayah luar.
Di wilayah-wilayah luar kepulauan, Jepang cenderung menerapkan pendekatan yang lebih keras terhadap kelompok-kelompok politik. Baru setelah menyadari kekalahan yang tak terhindarkan, para pemimpin Jepang memilih untuk membiarkan arus revolusi berkembang, dengan harapan dapat menghalangi upaya sekutu untuk merebut kembali wilayah tersebut. Karena fokus utama Jepang adalah memenangkan perang, lebih memilih menggunakan tenaga administrasi lokal yang sudah berpengalaman dari masa pemerintahan kolonial Belanda untuk mengelola wilayah jajahan. Namun, Ambon menjadi pengecualian dari kebijakan ini. Latar belakang sejarah dan dominasi penduduk Kristen membuat wilayah tersebut dianggap berpihak pada Belanda. Di sana, Jepang menunjuk anggota Sarekat Ambon untuk menduduki posisi pemerintahan tertinggi. Akibatnya, para nasionalis yang sebelumnya berhasil menyingkirkan pengaruh Belanda di daerahnya sendiri, justru ditempatkan oleh Jepang untuk memimpin dan mengendalikan para pendukung setia Belanda.
Selain itu, tentara Kristen Ambon—yang sebelumnya menjadi pilar utama dalam militer kolonial dan memiliki kedekatan kuat dengan Belanda—kehilangan kepercayaan dan banyak darinya mengalami penderitaan di kamp-kamp konsentrasi Jepang. Perubahan ini memiliki makna simbolis, karena identitasnya sebagai Belanda hitam justru membuatnya kurang disukai oleh kelompok lain. Sementara itu, banyak muslim Ambon yang menjalin hubungan baik dengan pemerintahan pendudukan Jepang dan mendukung perjuangan republik selama perang kemerdekaan. Sebaliknya, komunitas Kristen Ambon, yang mengalami penindasan di bawah kekuasaan Kaisar Showa, menjadi kelompok terakhir yang memutuskan hubungan dengan Belanda. Akibatnya, loyalitasnya terhadap perjuangan kemerdekaan diragukan, dan mereka pun tersingkir dari posisi berpengaruh dalam pemerintahan. Karena proses marginalisasi ini, pada tahun 1950 meletus pemberontakan bersenjata dari kelompok Kristen yang menuntut pemisahan diri dari pemerintah pusat. Kenyataannya, konflik bersenjata yang dilakukan oleh umat Kristen Maluku terus menjadi sumber ketidakstabilan di kawasan tersebut hingga tahun 1963.
Kendati demikian, kebijakan pendudukan Jepang turut memberikan dampak yang menyatukan masyarakat. Hal ini terjadi karena Jepang menghentikan praktik Belanda yang sebelumnya menekan gerakan nasionalis dan Islam, khususnya di wilayah padat penduduk seperti Jawa dan Sumatra. Walaupun struktur pemerintahan lokal peninggalan Belanda sebagian besar tetap digunakan, Jepang aktif menggerakkan kelompok-kelompok politik untuk mendukung propaganda dan kepentingan perangnya. Berbeda dengan pandangan Piekar dan Benda pada dekade 1940-an dan 1950-an, keterlibatan politik kelompok-kelompok tersebut bukanlah bagian dari strategi Jepang untuk memecah belah dan mengontrol masyarakat. Berdasarkan kajian Anthony Read terhadap dokumen-dokumen primer Jepang, tidak ditemukan indikasi bahwa militer Jepang merasa terancam oleh kelompok manapun, kecuali oleh komunitas Kristen Ambon yang melakukan pemberontakan. Sesungguhnya, dukungan terhadap kelompok nasionalis dan Islam oleh Kaisar Showa lebih didorong oleh potensinya dalam menggerakkan massa untuk kepentingan Jepang, seperti kerja paksa, perekrutan militer dan aksi anti-sekutu, daripada kebutuhan untuk menjaga keseimbangan politik.
Sebelum Jepang melakukan invasi, hubungan antara elite tradisional pribumi dengan kelompok nasionalis dan Islam masih sangat terbatas. Oleh karena itu, tidak sepenuhnya adil jika kebijakan pendudukan Jepang dianggap sebagai penyebab utama dari berbagai konflik yang mengganggu stabilitas masyarakat pascakemerdekaan. Memang, Jepang memberikan pelatihan militer kepada anggota partai Pusa Islam, termasuk Kartosuwiryo yang kemudian memimpin gerakan Darul Islam, sehingga turut memicu pemberontakan Islam yang mengganggu ketertiban. Namun, di sisi lain, Jepang juga berupaya menyatukan berbagai sumber kepemimpinan ke dalam lembaga-lembaga administratif, penasihat dan propaganda, yang mengharuskannya bekerja sama dalam batas tertentu. Langkah ini membantu meredakan sejumlah perpecahan yang telah ada sejak masa kolonial.
Perpecahan tersebut sebagian besar merupakan warisan dari kebijakan Belanda yang memecah masyarakat berdasarkan dalih toleransi terhadap hukum dan adat lokal. Belanda menerapkan sistem hukum yang berbeda untuk tiap kelompok ras—Indonesia, Eropa, China dan Timur asing lainnya—dengan masing-masing tunduk pada hukum Eropa, hukum pribumi atau kombinasi keduanya, ditambah aturan khusus. Selain itu, Belanda juga menciptakan dua jalur pendidikan: satu untuk elite pribumi yang menekankan budaya Barat, dan satu lagi berbasis bahasa lokal yang hanya mengajarkan keterampilan dasar. Sebaliknya, Jepang menghapus sistem diskriminatif ini sebagai bagian dari visinya untuk menjadikan beberapa wilayah sebagai koloni semi-independen. Demi kepentingan Kaisar Showa, Jepang berusaha menyatukan masyarakat di wilayah ini melalui semangat nasionalisme anti-Barat dan Pan-Asia, yang diwujudkan lewat sistem hukum dan pendidikan yang setara bagi semua orang, tanpa memandang latar belakang etnis atau agama.
Seiring dengan dihapuskannya pengaruh Belanda dan dimulainya mobilisasi rakyat untuk mendukung kepentingan perang Jepang, dilakukan proses indoktrinasi secara menyeluruh terhadap masyarakat di seluruh kepulauan. Walaupun propaganda yang terus-menerus tidak berhasil meyakinkan masyarakat akan keunggulan budaya Jepang, justru kampanye tersebut memperkuat sentimen anti-Barat dan semangat nasionalisme, yang pada akhirnya menyatukan rakyat dalam perjuangan menuju kemerdekaan. Di sekolah-sekolah, diperkenalkan upacara bendera dan kegiatan militer sebagai bagian dari pendidikan patriotik. Penggunaan bahasa Barat dilarang, dan meskipun ada upaya untuk memperkenalkan bahasa Jepang, hasilnya tidak efektif. Sebaliknya, bahasa Melayu menjadi alat utama dalam penyebaran propaganda, dan statusnya sebagai bahasa nasional pun meningkat. Langkah ini memiliki dampak besar dalam menyatukan masyarakat, mengingat keberadaan lebih dari 20 bahasa yang digunakan di wilayah nusantara. Bahkan, baru setelah masa pendudukan Jepang, bahasa Melayu secara resmi diakui sebagai bahasa nasional dan mulai digunakan secara luas. Selain itu, Jepang mengubah orientasi pendidikan yang sebelumnya berpusat pada budaya Eropa menjadi lebih menonjolkan unsur budaya lokal, seperti seni dan musik Hindia Timur, yang turut memperkuat rasa kebersamaan dan identitas nasional. Semua perubahan ini menunjukkan bahwa tanpa intervensi Jepang, nasionalisme tidak akan berkembang menjadi gerakan rakyat yang luas.
Meski begitu, bentuk nasionalisme yang didorong oleh Kaisar Showa cenderung melahirkan budaya politik yang otoriter dan militeristik. Tren ini semakin menguat akibat tingginya tingkat keberagaman dan konflik kepentingan di masyarakat, yang mendorong pemerintah pusat untuk menerapkan kontrol ketat demi menjaga kesan harmoni yang sebenarnya rapuh. Salah satu penyebab munculnya kecenderungan otoriter ini adalah propaganda Kaisar Showa yang menekankan nilai-nilai seperti pengorbanan dan kepatuhan, yang memperkuat tradisi masyarakat Asia dalam mengutamakan kepentingan kolektif di atas kebebasan individu.
Lebih jauh lagi, dengan memberikan pelatihan militer dan senjata kepada masyarakat luas, Jepang turut mempercepat proses militerisasi. Karena perang kemerdekaan menyatukan tujuan politik dan militer, sejak awal peran antara pemimpin politik dan militer menjadi kabur. Akibatnya, militer tidak lagi bersikap netral secara politik setelah revolusi nasional. Dengan mengklaim pengorbanannya demi kemerdekaan, militer merasa berhak untuk berperan aktif dalam politik. Para pemimpin militer pun menganggap dirinya memiliki posisi istimewa yang memungkinkannya untuk ikut campur dalam urusan politik setiap kali kekuasaannya terancam.
Selama Soekarno mampu menjaga keseimbangan antara kekuatan militer dan Partai Komunis Indonesia (PKI) sebagai rival politik utama, sistem Demokrasi Terpimpin tetap stabil. Namun, pada dekade 1960-an, ketika Soekarno semakin dekat dengan PKI, ketegangan politik memuncak dan sistem tidak mampu lagi menahan beban konflik kekuasaan. Setelah terbunuhnya sejumlah jenderal pada tahun 1965 dalam peristiwa yang disebut sebagai konspirasi PKI, terjadi pembersihan politik besar-besaran yang menewaskan sekitar setengah juta orang yang diduga simpatisan komunis. Tragedi tahun 1965–1966 ini menjadi puncak dari dampak negatif militerisme yang telah tumbuh sejak masa pendudukan Jepang. Akhirnya, Soekarno yang semakin lemah secara politik dan berpihak ke kiri, terpaksa menyerahkan kekuasaan kepada Jenderal Soeharto, yang kemudian memimpin selama tiga dekade dengan gaya pemerintahan yang otoriter.
Secara keseluruhan, kebijakan pendudukan Jepang memiliki kecenderungan untuk menyatukan masyarakat dan turut meredakan berbagai perpecahan yang sebelumnya ditimbulkan oleh kolonialisme Belanda. Mengingat besarnya keragaman budaya di kepulauan ini, kemungkinan terciptanya kondisi modern tanpa keterlibatan Jepang sangat kecil. Namun, bentuk nasionalisme yang tumbuh di bawah pengaruh Jepang didasarkan pada prinsip-prinsip yang dirumuskan oleh segelintir elite Jawa, yang kemudian diberlakukan secara paksa ke seluruh wilayah. Akibatnya, masyarakat di daerah-daerah luar Jawa, seperti komunitas Kristen Ambon, dihadapkan pada pilihan terbatas: tunduk pada dominasi Jawa atau mengalami marginalisasi.
Faktor utama yang menyatukan rakyat selama perjuangan kemerdekaan bukanlah kesamaan identitas budaya, melainkan penolakan luas terhadap kekuasaan kolonial Belanda, yang dipandang lebih buruk dibandingkan sistem pemerintahan terpusat ala Soekarno. Karena itu, pemerintah pusat kesulitan membangun kepercayaan dan keterikatan di kalangan masyarakat luar Jawa. Akibatnya, stabilitas nasional hanya bisa dipertahankan melalui pendekatan politik yang otoriter dan militeristik—cerminan dari pola kekuasaan yang sebelumnya dipromosikan oleh Kaisar Showa.
