Sebagai bagian dari upaya membangun perdamaian di Papua Barat, pada bulan Mei 2015 Presiden Joko Widodo mengeluarkan keputusan grasi bagi lima tahanan politik yang sebelumnya dijatuhi hukuman karena menerobos area militer di Wamena, Papua. Presiden juga mengungkapkan rencana lanjutan untuk memberikan grasi atau amnesti kepada tahanan politik lain di berbagai wilayah. Namun, dengan masih adanya lebih dari 90 tahanan politik—kebanyakan berasal dari gerakan separatis di Papua dan Maluku—inisiatif Jokowi ini menghadapi tantangan yang tidak kecil.
Pasal 14 dalam Undang-Undang Dasar memberikan presiden sejumlah kewenangan yang bersifat kuasi yudisial. Salah satu yang paling umum adalah grasi, yakni pengubahan, pengurangan atau penghapusan hukuman pidana, termasuk pengalihan hukuman mati menjadi penjara seumur hidup. Rehabilitasi bertujuan untuk memulihkan nama baik seseorang yang pernah dituduh melakukan tindak pidana namun kemudian dinyatakan bebas. Amnesti memiliki mekanisme serupa dengan grasi, tetapi biasanya diterapkan untuk membebaskan kelompok narapidana secara kolektif. Sementara itu, abolisi juga menyerupai amnesti, namun diberikan sebelum ada putusan pengadilan, saat proses hukum terhadap seseorang masih berlangsung.
Dalam praktik internasional, grasi umumnya diberikan secara personal setelah mempertimbangkan permohonan dari masing-masing narapidana. Sebaliknya, amnesti dan abolisi biasanya berlaku secara kolektif, tanpa memperhatikan kondisi individu para narapidana. Berbeda dari kebiasaan di banyak negara yang menyerahkan kewenangan tersebut kepada lembaga legislatif, konstitusi Indonesia menetapkan bahwa presiden memiliki hak untuk memberikan grasi dan amnesti. Meski demikian, Pasal 14 mengharuskan presiden untuk mempertimbangkan masukan dari Mahkamah Agung dalam pemberian grasi atau rehabilitasi, serta dari Dewan Perwakilan Rakyat (DPR) dalam hal amnesti atau abolisi.
Walaupun secara tegas menolak pemberian grasi bagi terpidana mati kasus narkoba, Presiden Jokowi pada bulan Maret 2015 memberikan grasi kepada tiga narapidana yang dijatuhi hukuman mati atas kasus pembunuhan. Sebelumnya, pada bulan Desember 2014, ia juga menggunakan hak grasi untuk membebaskan Eva Susanti Bande, seorang aktivis hak-hak petani. Sementara itu, amnesti paling signifikan di era pasca-Soeharto berkaitan dengan tahanan politik. Presiden BJ Habibie membebaskan sekitar 230 tahanan politik—termasuk tokoh separatis dari Timor Timur, Papua dan Aceh—melalui 12 dekrit sebagai bagian dari proses demokratisasi pada tahun 1998 dan 1999, menandai berakhirnya pemerintahan Orde Baru. Kemudian, pada tahun 2005, Presiden Susilo Bambang Yudhoyono memberikan amnesti dan abolisi kepada 1.424 individu yang terlibat dalam Gerakan Aceh Merdeka (GAM). Kedua langkah tersebut dipandang luas sebagai contoh sukses dalam penerapan amnesti dan abolisi oleh kepala negara.
Dalam upaya membebaskan seluruh tahanan politik yang tersisa melalui mekanisme grasi dan amnesti, Presiden Jokowi dihadapkan pada dilema yang kompleks. Grasi memang memungkinkan seorang narapidana untuk dibebaskan, namun secara tidak langsung menuntut pengakuan atas kesalahan yang dilakukan—meskipun ada kasus seperti Eva Susanti dan Schapelle Corby yang tetap menyatakan diri tidak bersalah saat mengajukan grasi. Walaupun konstitusi maupun peraturan perundang-undangan terkait grasi (UU No. 22 Tahun 2002 dan UU No. 5 Tahun 2010) tidak secara eksplisit mensyaratkan pengakuan kesalahan, kedua undang-undang tersebut mendefinisikan grasi sebagai bentuk pengampunan resmi atas hukuman yang telah dijatuhkan oleh pengadilan. Penjelasan dalam UU 22/2002 bahkan menyebut grasi sebagai hadiah dari presiden berupa pengampunan. Oleh karena itu, grasi bukanlah instrumen untuk menilai ulang keputusan hakim atau membatalkan vonis, melainkan bentuk keringanan hukuman yang sah dari eksekutif. Dalam konteks ini, kelima tahanan dari Papua Barat yang menerima pembebasan melalui grasi secara tidak langsung dianggap telah menerima tanggung jawab atas tindakannya—meskipun terdapat perbedaan informasi mengenai apakah secara aktif mengajukan grasi atau dibebaskan atas inisiatif presiden.
Pada tahun 2010, Presiden Susilo Bambang Yudhoyono memberikan grasi kepada dua aktivis politik dari Papua Barat yang dipenjara karena mengibarkan bendera Bintang Kejora—simbol yang dilarang—dan terlibat dalam demonstrasi pro-kemerdekaan yang berujung pada kekerasan. Namun, sejumlah tahanan politik Papua Barat lainnya menolak tawaran grasi secara tegas. Salah satu peristiwa penting terjadi pada bulan Agustus 2013, ketika upaya SBY untuk memberikan grasi secara massal kepada para tahanan politik Papua Barat tidak berhasil, karena menolak mengakui kesalahan atas tindakan yang dianggap tidak pernah dilakukan. Di antaranya yang menolak grasi adalah Filep Karma, yang dikenal luas sebagai tokoh tahanan politik Papua, dan dijatuhi hukuman 15 tahun pada tahun 2004 karena mengibarkan bendera Bintang Kejora. Menanggapi penolakan tersebut, Human Rights Watch mendesak pemerintah agar membebaskan seluruh tahanan politik melalui pemberian amnesti presiden, alih-alih menuntutnya untuk mengakui kesalahan atas hukuman yang dianggap melanggar hak asasi manusianya.
Dilihat dari latar belakang historisnya, pemberian amnesti kepada tahanan politik dapat menjadi simbol pemutusan dari masa lalu, membuka jalan bagi proses pemulihan, dan mendorong terciptanya dialog yang lebih konstruktif dengan kelompok separatis. Pendekatan ini tampaknya lebih bersifat rekonsiliatif bagi Presiden Jokowi dibandingkan melanjutkan pemberian grasi. Amnesti (atau abolisi bagi yang masih menjalani proses hukum) tidak mengandung tuntutan pengakuan kesalahan secara tersirat, dan memungkinkan para tahanan untuk dipulihkan ke posisi seolah-olah tidak pernah dijatuhi hukuman, karena pendekatannya lebih mengarah pada pelupaan daripada pengampunan. Meski demikian, pemberian amnesti mensyaratkan presiden untuk mempertimbangkan pendapat DPR, dan di sinilah letak tantangan yang dihadapi Jokowi.
Walaupun presiden tidak diwajibkan untuk mengikuti saran yang diberikan (dan memang terdapat sejumlah kasus di mana presiden mengabaikan rekomendasi Mahkamah Agung dalam hal pemberian atau penolakan grasi), mengesampingkan pendapat Komisi I DPR merupakan langkah yang sulit dilakukan, terutama bagi presiden yang belum berpengalaman dan memiliki dukungan legislatif yang terbatas. Dalam menjelaskan alasan Presiden Jokowi memilih memberikan grasi ketimbang amnesti pada bulan Mei 2015, Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia, Yasonna Laoly, menyatakan bahwa pemerintah khawatir terhadap dinamika politik di DPR. Kekhawatiran tersebut terbukti ketika pada akhir bulan Juni 2015, parlemen menolak mendukung rencana Jokowi untuk memberikan amnesti kepada sisa tahanan politik, karena adanya kekhawatiran bahwa langkah tersebut akan dianggap sebagai bentuk pengakuan terhadap Organisasi Papua Merdeka (OPM) dan berpotensi menimbulkan ketidakpuasan terhadap pemerintah di wilayah Papua.
Dengan demikian, Presiden Jokowi dihadapkan pada dua opsi yang sama-sama rumit: memberikan amnesti secara sepihak yang berisiko memicu kemarahan para pendukungnya di parlemen, atau tetap menempuh jalur grasi yang secara tidak langsung menuntut narapidana untuk mengakui kesalahan. Kedua pilihan ini tampaknya belum mampu memenuhi harapan akan terciptanya perdamaian dan pemulihan sosial sebagaimana yang telah ia janjikan.
Masih belum jelas apakah Presiden Jokowi dapat memberikan grasi yang disertai dengan rehabilitasi guna memulihkan nama baik narapidana, seperti yang diusulkan oleh Menteri Koordinator Bidang Politik, Hukum dan Keamanan, Tedjo Edhy Purdijatno. Namun, secara umum, rehabilitasi dipahami sebagai langkah yang dilakukan setelah seseorang dibebaskan melalui grasi, dengan tujuan memulihkan reputasinya—bukan sebagai bentuk pemulihan nama baik bagi seseorang yang telah dinyatakan bersalah tetapi belum menjalani hukuman.
