Hampir dua dekade setelah gerakan Reformasi turut menjatuhkan pemerintahan Soeharto pada Mei 1998, Aceh dan Papua masih menghadapi beragam persoalan. Kedua wilayah tersebut mengalami gerakan separatis berkepanjangan yang semakin menguat setelah berakhirnya pemerintahan otoriter. Namun, perkembangan selanjutnya membawa Aceh dan Papua menempuh arah berbeda, dengan tantangan yang juga tidak sama. Setelah berakhirnya pemerintahan Soeharto, Gerakan Aceh Merdeka (GAM) semakin memperluas pengaruhnya di wilayah pedesaan Aceh. Situasi tersebut mendorong pemerintah menetapkan darurat militer dan melancarkan operasi militer besar pada 2003. Konflik yang berlangsung sejak 1979 akhirnya mereda setelah tsunami dahsyat pada Desember 2004. Bencana ini mendorong pemerintah dan GAM mengesampingkan kepentingan politik serta memulai perundingan. Pada 5 Agustus 2005, kedua pihak mencapai kesepakatan damai. GAM melepaskan tuntutan kemerdekaan, sedangkan pemerintah memberikan otonomi luas dan menarik sebagian besar pasukan TNI dari Aceh. Pada 11 Juli 2006, DPR mengesahkan Undang-Undang Pemerintahan Aceh yang memuat sejumlah poin penting dalam perjanjian damai.
Regulasi tersebut menjadi landasan perdamaian berkelanjutan dengan mengakomodasi aspirasi dan keluhan masyarakat Aceh. Pemerintah pusat juga memberikan dukungan keuangan melalui peningkatan alokasi anggaran nasional bagi Aceh hingga 2028. Selain itu, undang-undang tersebut membuka kesempatan bagi anggota GAM untuk mengikuti pemilu sebagai calon independen. Mereka kemudian dapat membentuk partai politik lokal. Kedua kebijakan ini merupakan pengecualian dalam sistem politik Indonesia saat itu. Pada 2008, GAM bertransformasi menjadi Partai Aceh. Namun, sebelum perubahan tersebut berlangsung, para mantan anggota GAM telah lebih dahulu memperkuat dominasinya dalam ranah politik dan ekonomi, baik di tingkat provinsi maupun kabupaten. Dominasi ini tidak sepenuhnya menghasilkan dampak positif karena GAM kemudian terfragmentasi ke dalam sejumlah kelompok yang saling bersaing untuk memperoleh akses terhadap kekuasaan dan sumber daya. Seiring dengan perpecahan tersebut, kekerasan politik di lingkungan internal GAM juga mengalami peningkatan.
Kekerasan Politik
Panitia Pengawas Pemilihan (Panwaslih) Aceh mencatat 57 kasus kekerasan politik pada pemilihan gubernur 2006, 91 kasus selama pemilihan legislatif dan presiden 2009 serta 167 kasus pada pemilihan gubernur 2012. Bentuk kekerasan tersebut meliputi pembunuhan berlatar belakang politik, penculikan, perusakan, intimidasi dan ancaman secara luas terhadap pemilih. Perpecahan terbaru di tubuh GAM terjadi antara Gubernur petahana Zaini Abdullah dan Wakil Gubernur Muzzakir Manaf. Institute for Policy Analysis of Conflict mencatat bahwa keduanya akan bersaing memperebutkan jabatan gubernur dalam pemilihan berikutnya. Walaupun perdamaian tercapai, 4,4 juta penduduk Aceh belum merasakan dampak positifnya secara menyeluruh. Hal ini terkait dengan kuatnya korupsi dan praktik patronase dalam politik dan pemerintahan. UNDP mencatat bahwa Aceh masih termasuk salah satu provinsi termiskin di Indonesia; hampir sepertiga rumah tangga di wilayah perdesaan hidup di bawah garis kemiskinan.
Kondisi itu menimbulkan kekecewaan masyarakat terhadap GAM, karena mereka menilai GAM gagal menghadirkan pemerintahan yang bersih, baik, dan berpihak pada kelompok miskin. Sebaliknya, masyarakat menilai GAM telah mengadopsi pola lama yang sebelumnya militer dan jaringan pemerintah jalankan dalam mengeksploitasi sumber daya lokal. Sebagian mantan anggota pemberontak juga menyatakan kekecewaan dan mulai membicarakan kemungkinan kembali berkonflik, meskipun pihak yang mereka anggap musuh belum jelas. Dinamika yang berlangsung di Papua menunjukkan pola yang berbeda. Keruntuhan rezim Soeharto menjadi momentum bagi menguatnya kembali gerakan yang menuntut kemerdekaan di wilayah tersebut. Dukungan terhadap kemerdekaan berkembang cukup luas di tengah masyarakat Papua, yang telah menghadapi kekerasan secara berkala sejak integrasi wilayah ini ke dalam Indonesia pada 1969. Ketegangan tersebut turut dipengaruhi oleh keresahan penduduk asli terhadap meningkatnya jumlah pendatang dari daerah lain. Selain itu, muncul ketidakpuasan terhadap pengelolaan dan eksploitasi sumber daya alam Papua oleh pemerintah Indonesia bersama perusahaan-perusahaan internasional.
OPM – GAM
Namun, Organisasi Papua Merdeka (OPM) tidak pernah memperoleh dukungan sebesar yang diterima GAM. OPM juga tidak memiliki tingkat kedisiplinan, pelatihan dan aktivitas yang sebanding dengan gerakan pemberontakan di Aceh tersebut. Salah satu kelemahan utama OPM adalah fragmentasi internal yang dipengaruhi oleh tingginya keberagaman sosial masyarakat Papua. Sekitar 1,8 juta penduduk asli Papua terbagi ke dalam lebih dari 312 kelompok suku. Meskipun sentimen anti-Indonesia turut mendorong terbentuknya identitas kolektif sebagai orang Papua, ikatan tersebut belum mampu menggantikan kesetiaan utama masyarakat terhadap suku masing-masing. Kelemahan organisasi OPM membuat perjuangan pro-kemerdekaan di Papua cenderung berkembang melalui pendekatan politik nonkekerasan. Dalam konteks ini, organisasi mahasiswa dan berbagai gereja Kristen tampil sebagai kelompok yang paling aktif menyuarakan aspirasi kemerdekaan.
Peran gereja menjadi penting karena agama Kristen dianut oleh sebagian besar penduduk di wilayah tersebut. Runtuhnya rezim Soeharto membuka ruang bagi masyarakat Papua untuk menyampaikan aspirasi politiknya secara lebih terbuka. Pada Februari 1999, sebuah delegasi yang terdiri atas 100 tokoh Papua bertemu dengan Presiden B.J. Habibie untuk menyatakan keinginan mereka memperoleh kemerdekaan. Mobilisasi politik secara damai tersebut kemudian mencapai titik penting dalam Kongres Rakyat Papua II di Jayapura, yang diikuti oleh sekitar 15.000 orang. Meski demikian, berbeda dengan Aceh yang mengalami tsunami sebagai salah satu momentum menuju perubahan besar, Papua tidak menghadapi peristiwa serupa yang dapat mempercepat terciptanya transformasi politik yang berarti. Pemberlakuan Undang-Undang Otonomi Khusus pada 2001 menjadi langkah paling signifikan yang ditempuh pemerintah pusat untuk membangun hubungan yang lebih baik dengan masyarakat Papua.
Penerapan Nyata
Namun, luasnya kewenangan yang dijanjikan tidak diikuti oleh penerapan yang nyata dan menyeluruh. Kesenjangan antara kebijakan dan pelaksanaannya kemudian memperbesar rasa tidak percaya masyarakat Papua terhadap pemerintah. Situasi tersebut semakin kompleks karena pemerintah tetap memperkuat pendekatan keamanan, memekarkan wilayah Papua menjadi dua provinsi, yakni Papua dan Papua Barat, serta mendorong perpindahan penduduk muslim dari Jawa. Pemekaran wilayah ini dianggap bertentangan dengan ketentuan otonomi khusus yang dibuat pemerintah sendiri. Berdasarkan hasil Sensus Penduduk 2010, total populasi Papua dan Papua Barat berjumlah 3.593.803 jiwa. Dari jumlah tersebut, sedikit lebih dari separuhnya merupakan penduduk non-Papua dan keturunannya. Penduduk Papua menyatakan bahwa mereka merasa menjadi korban genosida budaya dan agama yang berlangsung secara bertahap.
Istilah genosida dipakai dalam laporan Universitas Yale tahun 2004, yang menilai bahwa masuknya penduduk non‑Papua dari Indonesia telah mengikis keberadaan etnis Papua hingga mencapai tingkat yang dapat dikategorikan sebagai unsur genosida. Para aktivis pro-kemerdekaan berharap komunitas internasional ikut menekan Indonesia untuk menggelar referendum kemerdekaan. Sampai sekarang, upaya internasionalisasi ini baru meraih dukungan dari beberapa negara kepulauan Pasifik dan sejumlah politisi Barat. Pada pertemuan Pacific Islands Forum bulan September, Sekretaris Jenderal Dame Meg Taylor menyatakan bahwa Papua Barat menjadi isu sensitif bagi beberapa pemerintahan di kawasan Pasifik, namun tetap layak untuk didiskusikan. Namun pemerintah enggan mendengar, dan karena pertimbangan geopolitik, Perserikatan Bangsa-Bangsa serta kekuatan demokrasi regional seperti Australia dan Selandia Baru juga tidak menanggapi.
