Pada dini hari 1 Oktober 1965, Gerakan 30 September menculik dan membunuh enam jenderal Angkatan Darat. Jenderal Nasution berhasil melarikan diri. Keesokan paginya, mereka mengumumkan pengambilalihan kekuasaan untuk mencegah kudeta terhadap presiden oleh Dewan Jenderal. Sementara itu, Panglima Kostrad Soeharto mulai menguasai situasi. Menjelang malam, Soeharto berhasil merebut kendali dari para konspirator.
PKI menegaskan bahwa kudeta adalah urusan internal militer. Sebaliknya, pimpinan militer menuduh PKI merencanakan perebutan kekuasaan dan segera melancarkan operasi untuk menyingkirkan ancaman komunis. Bulan berikutnya, militer membantai komunis dan terduga komunis di Jawa dan Bali, menewaskan antara 80.000 hingga lebih dari 1 juta orang. Pada tahun-tahun setelahnya, mereka menolak hak-hak dasar komunis, terduga komunis dan keluarganya, termasuk pengadilan yang adil, kesempatan kerja dan kebebasan dari diskriminasi. Antara 1969 dan 1980, militer menahan sekitar 10.000 orang—kebanyakan diketahui atau diduga komunis—tanpa pengadilan di Pulau Buru, Maluku.
Hancurnya PKI menghilangkan salah satu penopang kekuasaan Soekarno, membuat presiden berada di bawah tekanan besar. Pada Maret 1966, di tengah aksi mahasiswa, Angkatan Darat memaksa Soekarno menyerahkan kewenangan luas kepada Soeharto, Kepala Staf Angkatan Darat. Dengan kekuasaan itu, Soeharto melarang PKI dan perlahan mengokohkan posisinya sebagai pemimpin pemerintahan yang efektif. Pada Maret 1967, MPR menunjuk Soeharto sebagai pejabat presiden, dan setahun kemudian ia resmi menjadi presiden. Soekarno kemudian menjalani tahanan rumah hingga wafat pada 21 Juni 1970.
Orde Baru Soeharto
Soeharto segera membatalkan banyak kebijakan Soekarno. Konfrontasi dengan Malaysia berakhir, dan Indonesia kembali menjadi anggota PBB. Indonesia juga berperan penting dalam pembentukan ASEAN pada 1967. Di dalam negeri, dukungan militer memberinya stabilitas politik yang sebelumnya kurang di era Soekarno. Fokus utama Orde Baru adalah pemulihan ekonomi. Pemerintah berhasil menegosiasikan penjadwalan ulang utang luar negeri dan menarik bantuan dari negara donor. Regulasi ekonomi yang rumit disederhanakan. Pada 1967, undang-undang baru tentang penanaman modal asing memberikan kerangka bagi investasi swasta.
Pembangunan Ekonomi
Dampak kebijakan ekonomi Soeharto segera terlihat. Inflasi menurun, rupiah stabil, manufaktur tumbuh pesat, dan produksi minyak meningkat berkat eksplorasi perusahaan asing melalui Pertamina. Namun, peran Pertamina sebagai pusat ekspansi ekonomi berakhir pada 1975 ketika pemerintah menyelamatkannya dari utang besar. Para pengusaha militer turut berperan dalam perkembangan ini. Memasuki pertengahan 1980-an, penurunan harga minyak memaksa pemerintah mengalihkan fokus ke investasi swasta, produksi dan ekspor barang manufaktur untuk mengurangi ketergantungan pada minyak dan komoditas tradisional.
Kebijakan baru ini memicu kritik dari dalam dan luar negeri. Sebagian pihak menilai republik semakin bergantung pada modal Barat, khususnya perusahaan transnasional besar. Mereka berpendapat investasi asing langsung menciptakan kelas pedagang yang memperkaya diri melalui hubungan dengan perusahaan asing, sehingga memperburuk ketimpangan sosial. Sebaliknya, pihak lain meyakini perbaikan jangka panjang bergantung pada pertumbuhan ekonomi yang lahir dari investasi skala besar, bukan pembangunan kecil yang padat karya.
Pencapaian ekonomi Orde Baru sangat signifikan, mengubah pola pembangunan pada 1970-an dan 1980-an, terutama di luar Jawa. Sebagai pusat politik dan ekonomi sejak era kolonial, Jawa tetap mendominasi investasi baru dan ekspansi manufaktur, meski kepadatan penduduk mengurangi keunggulannya. Beberapa provinsi luar Jawa, seperti Sumatra Utara, Aceh, Riau, Kalimantan Timur dan Papua, menarik investasi besar melalui sektor pertambangan, minyak, gas dan kayu, menjadikan Kalimantan Timur salah satu wilayah dengan pertumbuhan tercepat. Sebaliknya, provinsi di Kepulauan Sunda Kecil—NTB, NTT dan Timor Timur—tetap tertinggal secara ekonomi. Pemerintah melalui Rencana Pembangunan Lima Tahun (RPJM) menekankan pengurangan ketimpangan regional dan pemerataan pertumbuhan.
Akhir Orde Baru
Selama dekade terakhir Orde Baru, perusahaan swasta berkembang pesat, tetapi sebagian besar bisnis dimiliki oleh anak-anak Soeharto. Ia beralasan bahwa mereka berhak berusaha sebagai warga negara, meski kenyataannya mereka menikmati hak istimewa besar. Keluarga Soeharto menguasai sektor ekonomi strategis, termasuk perminyakan, jalan tol, perbankan, televisi dan iklan. Aktivitas bisnisnya meluas ke tingkat internasional, nasional dan daerah. Birokrasi umumnya menerima proposal bisnis keluarga tanpa prosedur tender yang wajar. Akibatnya, ketidakpuasan masyarakat semakin meningkat.