Sebagai bagian dari Kemitraan Strategis Indonesia-AS, kedua negara menjalin kerja sama maritim untuk memperkuat keamanan bersama, menjaga kelestarian laut global, dan mendorong pembangunan berkelanjutan di sektor kelautan. Pada tanggal 24 Oktober 2015, Indonesia dan Amerika Serikat menandatangani Nota Kesepahaman terkait kerja sama tersebut.
Untuk melindungi masyarakat pesisir dan sektor perikanan, Amerika Serikat akan memberikan dukungan signifikan dalam upaya konservasi keanekaragaman hayati laut, pengelolaan perikanan yang berkelanjutan, serta peningkatan tata kelola sumber daya kelautan di berbagai tingkat—lokal, kabupaten, provinsi hingga nasional di Indonesia. Program ini akan difokuskan pada tiga provinsi di kawasan timur Indonesia yang memiliki tingkat keanekaragaman hayati laut tertinggi.
Indonesia dan Amerika Serikat menjalin kerja sama erat untuk memberantas serta mencegah praktik penangkapan ikan ilegal, tidak dilaporkan dan tidak diatur (IUU) baik di perairan Indonesia maupun kawasan ASEAN. Melalui dukungan dari USAID, NOAA, Departemen Kehakiman dan Departemen Pertahanan, Indonesia memperoleh bantuan berupa teknologi, integrasi sistem serta pengembangan kapasitas. Bentuk dukungan ini mencakup pelatihan implementasi Perjanjian FAO tentang Langkah Negara Pelabuhan, penegakan hukum perikanan serta analisis informasi dan intelijen. Kolaborasi ini juga memperkuat kemampuan Indonesia dalam memenuhi persyaratan data baru dari program ketertelusuran produk laut AS, yang dirancang untuk memerangi penipuan dan praktik IUU dalam perdagangan makanan laut.
Dalam kerangka Perjanjian Kolaborasi Sains dan Teknologi Indonesia-AS, NOAA bekerja sama dengan Indonesia untuk melakukan observasi dan riset bersama terkait ekosistem laut, termasuk studi oseanografi dan variabilitas iklim. Kolaborasi ini bertujuan meningkatkan pemahaman tentang interaksi kompleks antara laut dan atmosfer serta memperkuat kemampuan memprediksi perubahan iklim jangka panjang dan dampak ekosistem. Melalui kerja sama ini, kedua negara dapat memprediksi potensi kekeringan dan curah hujan ekstrem di Indonesia, memahami pengaruh fenomena oseanografi di Samudra Hindia terhadap Amerika Serikat, serta meneliti dampak pengasaman laut terhadap terumbu karang.
Penjaga Pantai AS bersama Program Pengendalian Ekspor dan Keamanan Perbatasan Departemen Luar Negeri AS mengadakan pelatihan bagi petugas pemeriksa kapal. Selain itu, Program Keamanan Pelabuhan Internasional Penjaga Pantai AS juga memberikan peningkatan kapasitas untuk memenuhi standar Keamanan Kapal dan Fasilitas Pelabuhan Internasional (ISPS). Langkah ini bertujuan mendeteksi serta mencegah ancaman keamanan di sektor transportasi laut, khususnya pada pengiriman barang antara Indonesia dan Amerika Serikat.
Indonesia dan Amerika Serikat akan menjajaki serta mendukung inisiatif perdagangan dan investasi untuk memperkuat hubungan dagang di sektor maritim. AS juga berencana mengembangkan kemitraan publik-swasta, mengadakan diskusi panel bisnis, dan mempromosikan pameran dagang guna mendukung pembangunan berkelanjutan perikanan dan pelabuhan di Indonesia. Selain itu, kedua negara, termasuk melalui kerja sama dengan sektor swasta, akan mendorong penerapan metode penangkapan ikan yang berkelanjutan oleh pelaku usaha perikanan di Indonesia.
Amerika Serikat memberikan bantuan darurat untuk mendukung upaya Indonesia dan Organisasi Internasional untuk Migrasi (IOM) dalam menyelamatkan korban kerja paksa di industri perikanan. Selain itu, AS mendorong pemerintah Indonesia untuk menyusun prosedur identifikasi korban dan merujuknya ke layanan kesehatan, serta mengadvokasi peningkatan penegakan hukum terhadap agen perekrutan, perantara dan pejabat korup yang terlibat dalam praktik eksploitasi tersebut.
Sebagai respons terhadap krisis migran maritim yang terjadi pada Mei–Juni 2015 di Teluk Benggala dan Laut Andaman, Amerika Serikat memberikan dana darurat kepada IOM dan UNHCR untuk membantu migran rentan di Indonesia, Malaysia, Thailand, Myanmar dan Bangladesh. Bantuan tersebut mencakup penyediaan tempat tinggal sementara, barang non-pangan, dukungan kesehatan dan gizi, fasilitasi pemulangan sukarela, perlindungan internasional, pertukaran informasi serta penanganan akar permasalahan.
