Meskipun sejarawan masih memperdebatkan apakah orang Eropa menjadi kekuatan utama di Indonesia abad ke-17, kehadiran mereka membawa dampak besar. VOC muncul sebagai kekuatan baru di kawasan ini dan membentuk organisasi tunggal untuk menjalankan perdagangan luas. Organisasi itu memanfaatkan keunggulan militer dan membangun sistem birokrasi. VOC melibatkan nelayan untuk mengelola kepentingannya di Hindia Timur. Secara keseluruhan, VOC menekan penguasa lokal agar tunduk pada aturan dagangnya. Di bawah Jan Pieterszoon Coen serta penerusnya Anthony van Diemen dan Joan Maetsuyker, VOC meletakkan dasar kekaisaran dagang Belanda. VOC kemudian menjelma menjadi kekuatan dominan.
Pada abad ke-17, VOC mengambil langkah besar untuk memperkuat dominasi perdagangan. VOC merebut Malaka dari Portugis pada 1641, menandai ekspansi kekuasaan Belanda di Asia Tenggara. Perusahaan itu menekan kehadiran Inggris hingga hanya menyisakan satu pabrik di Bencoolen. VOC juga membentuk jaringan pabrik di wilayah timur kepulauan untuk mengamankan perdagangan rempah. Awalnya VOC mungkin berniat fokus pada perdagangan. Namun VOC akhirnya terlibat dalam politik lokal, terutama di Jawa. VOC menjadi mediator konflik dinasti dan persaingan antar penguasa. VOC berkembang menjadi kekuatan politik berpengaruh di nusantara.
Pada dekade 1620-an Sultan Agung, penguasa Mataram, berusaha memperluas pengaruhnya ke Bantam di Jawa Barat. Usaha itu memicu konflik dengan Belanda dan berujung pada pengepungan benteng Belanda di Batavia. Meskipun pasukannya mundur, pertempuran tidak menghasilkan kemenangan jelas. Pertempuran itu justru menumbuhkan rasa saling menghargai antara Belanda dan Jawa. Namun pada akhir abad ke-17 hingga awal abad ke-18, keterlibatan Belanda di Jawa semakin intens. Intensifikasi itu terjadi karena konflik internal Mataram dan perebutan tahta. Sebagai imbalan atas dukungan VOC kepada Amangkurat I pada 1674, VOC memperoleh wilayah Preanger. VOC juga mendukung Amangkurat II dan memperkuat cengkeramannya di Jawa.
Ekspansi Wilayah
Peristiwa ini menandai awal dari rangkaian ekspansi wilayah yang signifikan. Pada tahun 1704, Belanda turut campur tangan dalam pergantian kekuasaan dengan mendukung Pakubuwono I menggantikan keponakannya, Amangkurat III, dan sebagai balas jasa, memperoleh wilayah yang lebih luas. Melalui langkah-langkah seperti ini, Belanda secara bertahap menguasai hampir seluruh wilayah Jawa, dan pada tahun 1755, Kerajaan Mataram hanya tersisa dalam bentuk dua kerajaan kecil: Yogyakarta dan Surakarta, yang bertahan hingga akhir masa kolonial Belanda. Sementara itu, untuk menguasai perdagangan lada di Sumatra, VOC mulai membangun basis kekuatan di wilayah barat Sumatra serta di Jambi dan Palembang sejak abad ke-17, dengan turut campur dalam konflik lokal demi mendukung penguasa yang berpihak padanya. Meski begitu, ekspansi besar-besaran Belanda di Sumatra baru benar-benar terjadi pada abad ke-19.
Ketika mulai mengambil alih tanggung jawab wilayah, VOC pada awalnya tidak menerapkan sistem administrasi yang terstruktur secara ketat di daerah-daerah yang berada di bawah kekuasaannya. Sebagai akibatnya, perusahaan tersebut menggantikan peran kedaulatan kerajaan dan mewarisi sistem kekuasaan yang telah ada sebelumnya. Para bangsawan lokal tetap menjalankan tugas pengumpulan upeti atas nama VOC, dan seiring waktu, sistem ini perlahan-lahan berkembang menjadi bentuk birokrasi yang lebih formal. Para petani di wilayah kekuasaannya menghasilkan produk pertanian yang memberi VOC pendapatan.
Monopoli Dagang
VOC membangun fasilitas perusahaan untuk mengumpulkan komoditas lokal, memaksa penguasa daerah hanya berdagang dengan VOC, dan mengontrol produksi cengkeh di Ambon serta pala dan fuli di Kepulauan Banda. Pada abad ke-18 VOC menerapkan sistem pengiriman paksa dan kontingensi; kontingensi berupa pajak barang, sedangkan pengiriman paksa memaksa petani menanam dan menjual hasil bumi kepada VOC dengan harga yang ditetapkan. J. S. Furnivall menyatakan pengiriman paksa menyamarkan upeti, sedangkan kontingensi merupakan upeti yang terang‑terangan.
VOC merancang sistem perdagangannya untuk mengambil hasil bumi dari Hindia Timur dan menjualnya di pasar Eropa tanpa mendorong inovasi teknologi lokal. Perusahaan menikmati seluruh keuntungan, bukan para produsen, dan menyingkirkan pedagang lokal dari jalur ekspor seiring meningkatnya dominasinya. Perkembangan Batavia menyebabkan kemunduran pelabuhan-pelabuhan pesisir utara Jawa yang sebelumnya menjadi pusat perdagangan rempah, sehingga pola perdagangan tradisional terganggu dan mengalami distorsi.
Pada abad ke-18, VOC menghadapi krisis keuangan yang dipicu oleh berbagai faktor, termasuk pelanggaran terhadap monopoli dagangnya akibat maraknya penyelundupan, membengkaknya biaya administrasi karena perusahaan turut menjalankan fungsi pemerintahan serta praktik korupsi di kalangan pegawainya. Situasi semakin kompleks ketika Republik Belanda jatuh ke tangan Prancis dalam Perang Kemerdekaan Prancis dan mengalami perubahan struktur serta nama menjadi Republik Batavia pada tahun 1795. Akhirnya, pada tahun 1799, pemerintah Republik Batavia memutuskan untuk menghentikan operasional Perusahaan Hindia Timur Belanda.
