Polisi menangkap Johan Teterissa dan 22 pria pada 29 Juni 2007 karena mereka ikut aksi damai Hari Keluarga Nasional di Ambon. Pemerintah menyelenggarakan acara itu, dan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono menghadirinya. Amnesty International menyatakan pihak berwenang tidak seharusnya memenjarakan mereka dan mendesak pembebasan tanpa syarat.
Pada upacara 2007, Johan Teterissa memimpin sekelompok aktivis menampilkan tarian perang tradisional cakalele. Kebanyakan aktivis itu adalah guru dan petani. Di akhir pertunjukan mereka mengibarkan Benang Raja, bendera daerah yang terlarang. Polisi dan pengawal presiden kemudian menahan Johan Teterissa dan 21 aktivis lainnya. Penahanan dan interogasi melibatkan personel kepolisian, termasuk anggota Detasemen 88.
Pihak berwenang menuduh Johan Teterissa dan aktivis lain melakukan makar berdasarkan Pasal 106 dan 110 KUHP. Amnesty International menyatakan pihak berwenang memenjarakan mereka hanya karena menggunakan hak kebebasan berekspresi dan berkumpul secara damai. Amnesty International menganggap mereka tahanan hati nurani. Revisi KUHP saat ini memberi kesempatan bagi pemerintah untuk menghapus atau mengubah Pasal 106 dan 110. Tujuannya agar pasal-pasal itu tidak lagi mengkriminalisasi kebebasan berekspresi, berasosiasi, dan berkumpul secara damai.
Pada Maret 2009, pihak berwenang memindahkan Johan dan puluhan tahanan politik ke penjara di Pulau Jawa. Penjara itu berjarak lebih dari 2.500 km dari Maluku, daerah asal mereka. Amnesty International menilai pemindahan sejauh itu membuat kunjungan keluarga hampir tidak mungkin. Organisasi itu menyebut tindakan tersebut tidak perlu dan memberatkan bagi tahanan serta keluarga mereka. Pihak berwenang masih menahan setidaknya 11 tahanan politik dari Maluku di Jawa. Amnesty mendesak agar pihak berwenang memindahkan mereka ke Ambon sementara menunggu pembebasan. Perjalanan dari Maluku panjang, sulit, dan mahal sehingga kunjungan keluarga hampir mustahil. Pada Juni 2016, sebuah LSM memfasilitasi kunjungan resmi pertama sejak pemindahan 2009. Kunjungan itu memungkinkan keluarga dari Maluku mengunjungi tahanan di Nusakambangan, Porong, dan Madiun.
Prinsip 19 dan 20
Badan Prinsip PBB menetapkan dalam Prinsip 19 dan 20 bahwa pihak berwenang harus mengizinkan kunjungan keluarga dan memindahkan tahanan ke tempat penahanan yang cukup dekat dengan tempat tinggalnya. Aturan 59 dari Aturan Minimum Standar untuk Perlakuan terhadap Narapidana (aturan Nelson Mandela) mengharuskan pihak berwenang menempatkan narapidana, sejauh mungkin, di penjara yang dekat dengan rumah atau tempat rehabilitasi sosialnya.
Kunjungan dan kontak rutin dengan dunia luar, terutama keluarga, tidak hanya mencegah penyiksaan dan perlakuan buruk, tetapi juga menghormati hak narapidana atas kehidupan keluarga dan pribadi serta meningkatkan kesejahteraannya.
Pemerintah terus menerapkan undang-undang pemberontakan untuk memenjarakan aktivis politik di Maluku dan Papua yang menyampaikan pendapat secara damai. Pada Januari 2015, sembilan aktivis dijatuhi hukuman satu hingga empat tahun karena berencana memperingati deklarasi kemerdekaan Republik Maluku Selatan dan mengibarkan bendera Benang Raja. Pada April 2016, Steven Itlay didakwa dengan makar berdasarkan Pasal 106 KUHP setelah ikut doa bersama di halaman Gereja GKII Jemaat Gologota, Desa Utikini, distrik Kuala Kencana, Papua. Saat ini sedikitnya 29 tahanan politik dari Maluku dan 27 dari Papua masih menjalani hukuman, beberapa hingga 20 tahun.
Pada Mei 2015, Presiden Joko Widodo mengambil langkah yang menunjukkan pergeseran dari kebijakan represif sebelumnya; ia membebaskan lima aktivis yang dipenjara setelah persidangan tidak adil berdasarkan pengakuan paksa akibat penyiksaan atau perlakuan buruk, serta berjanji memberikan pengampunan atau amnesti kepada aktivis politik lain di seluruh negeri; pada November 2015 pemerintah juga membebaskan Filep Karma, yang telah dipenjara lebih dari satu dekade karena ekspresi politik damainya.
Pada November 2008, Kelompok Kerja PBB tentang Penahanan Sewenang-wenang (WGAD) menyimpulkan bahwa penahanan Johan Teterissa bersifat sewenang-wenang karena ia dipenjara atas pelaksanaan hak kebebasan berekspresi dan berkumpul secara damai, hak yang dilindungi oleh Kovenan Internasional tentang Hak-hak Sipil dan Politik (ICCPR) yang diratifikasi Indonesia serta oleh konstitusi negara.
